Entre las obras que se están realizando en la Penitenciaría Regional de Pedro Juan Caballero se encuentran la construcción del muro perimetral, una garita de seguridad, el acceso peatonal y vehicular, así como el empedrado de acceso desde la Ruta hasta el Penal y reparaciones varias dentro del recinto de reclusión.
Las obras impulsadas por el Ministerio de Justicia y Trabajo en la Penitenciaría de PJC están a cargo del Consorcio Amambay, según Licitación Pública Nacional Nº 15/2012, y se han iniciado a finales de diciembre de 2012.
Cabe señalar que la cartera de Justicia y Trabajo viene impulsando una serie de obras penitenciarias de tal modo a dotar de mayor seguridad a las unidades de reclusión y mejorar las condiciones de vida de los privados de libertad. Entre las principales se mencionan, además de las obras en la Penitenciaría de Pedro Juan Caballero, el mejoramiento de la infraestructura de la Penitenciaría de San Pedro, de la Penitenciaría de Concepción, el Penal de Coronel Oviedo, adecuación de Emboscada, así como obras en Tacumbú y Buen Pastor, reparaciones en el Penal de Ciudad del Este y el mejoramiento de los Centros Educativos de Concepción, Ciudad del Este e Itauguá.